Program studi Akuntansi pada awal berdirinya tahun 1994 berada dibawah naungan Jurusan Tata Niaga, tahun akademik 2000 program studi akuntansi berdiri sendiri secara otonomi menjadi Jurusan Akuntansi. Saat ini Jurusan Akuntansi sedang mengembangkan diri sesuai dengan paradigma baru pendidikan yang mengembangkan penyelenggaraan pendidikan tinggi dengan orientasi otonomi, akuntabilitas, akreditasi, evaluasi diri dan kualitas proses secara berkesinambungan.
Program pengembangan jurusan akuntansi didasari atas hasil Evaluasi Diri sehingga diketahui kekuatan, kelemahan, tantangan dan peluang jurusan untuk diimplementasikan sesuai dengan isu strategi pendidikan yaitu RAISE ++ (Relevance, Academic Atmosphere, Internal Management and Organization, Sustainability, Efficiency-productivity, Leadership and Institusional Commitment dan Acces and Equity) sehingga Visi dan misi Politeknik Negeri Pontianak dapat diwujudkan